شبیه‌سازی دینامیک مولکولی یک روش کارآمد جهت مطالعه سیستم‌های پلیمری است که امروزه در مواد پرانرژی و بایندرها جایگاه ویژه‌ای پیدا کرده است. در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با کاهش زمان و هزینه و افزایش ایمنی، می‌توان کار با مواد پرانرژی را با خطرات کمتری انجام داد. در این پژوهش، سازگاری دو پلی‌کاپرولاکتون اتر با انتهای هیدروکسیل شامل HTCE1 (PCL-PEG-PCL) و HTCE2 (PCL-PTHF-PCL) بر پایه پلی‌اتیلن گلیکول، پلی‌تتراهیدروفوران و پلی‌کاپرولاکتون با نرم‌کننده‌های نیترات استر شامل 4،2،1-بوتان تریول تری‌نیترات (BTTN)، تری‌متیلول‌اتان تری‌نیترات (TMETN) و تری‌اتیلن گلیکول دی‌نیترات (TEGDN) بر پایه مجموعه  NPT و میدان نیروی  CompassIII در دمای 298 درجه کلوین و فشار یک اتمسفر شبیه‌سازی شد و انرژی اتصال، تابع توزیع شعاعی، و خواص مکانیکی محاسبه شد. بیشترین انرژی اتصال (25 کیلوکالری بر مول) در مخلوط HTCE1/BTTN مشاهده شد و  نتایج تابع توزیع شعاعی بین مولکولی، سازگاری مخلوط را نشان می‌دهد و هیچ کاهش شدتی در نمودار مشاهده نشد. از سوی دیگر، بهبود قابل‌توجهی در انعطاف‌پذیری این مخلوط مشاهده شد که با کمترین مقدار نسبت پواسون (2/0 گیگاپاسکال) همراه بود. نتایج محاسبات با خطای کمتر از ۵ درصد از دقت قابل قبولی برخوردار می باشند. شبیه‌سازی دینامیکی مولکولی نشان داد که کوپلیمر HTCE1 (PCL-PEG-PCL) برای استفاده در پیشرانه‌های حاوی BTTN گزینه مناسبی است.